Széchenyi István már akkor (1834-ben) javasolta, hogy építsenek Pest-Budán egy vasúti átrakásra alkalmas kikötőt, amikor "hegymenetben", vagyis árral szemben még javában emberi erővel vontatták a dereglyéket. Igaz, a lóvontatás is elterjedt, a Duna menti vontatóutak azonban hol az egyik, hol a másik oldalon haladtak, ami nehézkessé tette az előrejutást. Az első, rakodásra is alkalmas partfal 1858-59-ben épült a Lánchíd pesti végénél, húsz évvel később pedig már több mint kilenc kilométernyi rakodópart szegélyezte kétfelől a Dunát. Elsősorban a pesti oldalon élénkült a forgalom: egyre több gabonát szállítottak a ferencvárosi malmokba a Soroksári út mentén, feljebb, a Vásárcsarnoknál pedig élelmiszert rakodtak ki. Ekkor, 1880-81-ben épültek a közraktárak, amelyek maradéka kulturális intézménnyé alakítva remélhet kegyelmet, továbbá a Boráros téri Elevátor, egy ötven méter magas, hetven méter széles monstrum, amelyen vasúti szerelvények is áthaladhattak (a szomszédos Dunai pályaudvarra, vagyis le, egészen a mai Művészetek Palotájáig), és ahol páternoszter rendszerű liftek emelték a gabonászsákokat a nyolcvan siló szájához. Ezt az épületet a világháborús bombázások után már nem építették újjá.
Igaz, nem is volt miért, hiszen már 1897-ben eldőlt, hogy a hajóforgalmat ki kell vinni a város belsejéből, mégpedig a Csepel-sziget északi részébe. (Ettől még egészen a 30-as évekig voltak raktárak az Országház mellett, és csak 1945 után szűnt meg teljesen a rakpartok eredeti funkciója.) A kezdeti elgondolás szerint a Pest felőli oldalon, a soroksári Duna-ág mentén épült volna a kikötő, ahonnan könnyebben elérhették volna a tervezett Duna-Tisza-csatorna bejáratát is. A szűk Kvassay-zsilipen keresztül azonban hosszadalmas lett volna átpréselni a hajókat. A helyválasztás körüli vita ennek ellenére sem dőlt el, egy nagyobb zsilip építésének a terve is felmerült, és a névadó, az Országos Vízépítési Igazgatóságot irányító Kvassay Jenő irányításával az I. világháborúig folytak a tervezési és kotrási munkálatok ezen a területen. De megkezdődött az építkezés a másik oldalon is, ahová a Gubacsi-hídon keresztül vezették el a vasutat.
A húszas években aztán végső lendületet vett a kikötőépítés, francia tőke bevonásával és kormányzói első kapavágással. "Nyolc kikötőmedence fogja öblözni ezt a területet, s partjukon
több hajó fér el, mint Rotterdamban
(...) Itt fog, mert itt kell felépülni egész Európának egy központi raktár-vára. Mert a német iparnak s kereskedelemnek ugyanúgy szüksége van egy biztos vámmentes raktárcentrumra, mint az olasznak vagy az angolnak, vagy a keletinek. Látom a jövőt, mikor ezen a területen halmozódnak fel Európa gazdasági életének fölöslegei" - lelkesedett Móricz Zsigmond a Pesti Naplóban, miután 1927 májusában Maurer Gyula kormánybiztos társaságában tájékozódott az építkezés "elvi dolgairól".
Második Rotterdam nem épült ugyan Csepelen, de 1928. október 20-án felavatták a kikötőt, mégpedig három medencével. (Kiástak egy negyediket is a soroksári oldal felől, de ezt végül nem kapcsolták be a kikötő rendszerébe. Francia vagy Bolgárkertész-öbölnek nevezték később, ma már csak horgászok, kutyasétáltatók és az illegális szemétlerakás elkötelezett hívei látogatják a környékét.) Az adatok azt mutatják, hogy a később vámmentes szabad kikötővé minősített létesítmény a II. világháború után, 1949 és 1952 között élte fénykorát, évi ezer külföldi és ezer hazai hajókikötéssel. Előzőleg szovjet hadizsákmánygyűjtő területté nyilvánították, és csak 1954-ben került vissza kizárólagos magyar tulajdonba.
A kapu mögött elhelyezett félmeztelen rakodómunkás-szobor bálával a vállán hangulatosabb kikötőélményt ígér, mint amilyennel találkozhatunk. A forgalom mérsékelt, néhány kamion jön-megy, a vágányokon néhány vagonból álló szerelvények várakoznak. A hatalmas Gabonatárházból épp vastag csövön ömlik az árpa egy hajótestbe, amely akkora, hogy lebontva talán maga az épület is beleférne, amihez képest csak nyolcvan centiméternyi a merülése. Bent, az épületben két fényesre kopott, csigavonalú csúszda a leglátványosabb: régen ezeken értek földet a gabonászsákok. Aztán van még egy részben földszintes, részben egyemeletes raktársor, odébb még egy magasabb épület, egyébként csak konténerek és konténerek. Az északi medence fala szemlátomást újonnan épült, odébb további fejlesztések sejlenek föl.
A megújult medence végét a ro-ro (roll-on/roll-off) üzemmódra, rézsűsen alakították ki, hogy a szállított járművek a saját kerekükön gördülhessenek a szárazföldre.
Az igazgatósági épületben apró meglepetés: a második emeleten a tanácsterem régi hajókat ábrázoló faburkolatát az egykori belvárosi Mahart-székházból telepítették át, mellette pedig berendeztek egy kis hajózástörténeti kiállítást is: modellek, plakátok, részvények, egyenruhák. A lépcsőházban fényképes történeti tablók. Dr. Szabó Zsolt, a Budapesti Szabadkikötő Logisztikai Zrt. vezérigazgatója egy emelettel lejjebb a tevékenységkiszervezésen alapuló gazdálkodás előnyeit ecseteli, továbbá a jövőt, a Majna-Duna-csatornán át Hollandiától a Fekete-tengerig húzódó hajózási útvonal lehetőségeit. Az egyetlen probléma, hogy pont a magyarországi felső Duna-szakasz az, amely nem hajózható folyamatosan az időnkénti alacsony vízállás miatt. Ezen viszont csak vízlépcsőkkel lehetne segíteni, csak hát ezen a ponton egymás ellen fordulnak a környezetvédelmi érvek, akárcsak a politikai indulatok. A vezérigazgatót mindenesetre most éppen a közeljövő lelkesíti: a kikötő felavatásának nyolcvanadik évfordulóján, október 20-án megint avatnak. Hárommilliárd forintnyi beruházás készült el a 13 milliárdból, amennyit a 75 éves üzemeltetési jogot szerzett konzorcium 2016-ig vállalt két és fél éve, a privatizáció idején.