Nagy port kavart a Professzorok Batthyány Körében, hogy Náray-Szabó Gábor elnök egy Magyar Idők publicisztikában azt írta az MTA-val kapcsolatban, hogy a kormány azt csinál, amit akar, a tudomány autonómiáját féltő tudósokról pedig azt, hogy „nálunk a bizalmatlan szabadságharcosok utcára mennek szabadon választott témáik védelmében, mégis előszeretettel csüngenének a megvetett állam csecsein”.
Az ellentétről az Index számolt be, amely azt is megírta, hogy az írás okozta konfliktus miatt Freund Tamás otthagyta a PBK-t. Freund megerősítette a hírt a portálnak, és elmondta: „Én egyáltalán nem értettem egyet Náray-Szabó elnök úr publicisztikájában foglaltakkal. Olyan szintű a megosztottság még ebben a kizárólag a polgári oldalt képviselő testületben is az Akadémia finanszírozásának a tervezett átalakítása miatt, hogy már nem kívántam tovább tag maradni.” Hozzátette: „A magam csatornáin próbálom vívni ezt a harcot, és bízom benne, hogy az egyeztetések eredményre fognak vezetni a minisztérium és az MTA között.”
