A Karmelita épületegyüttes egykori refektóriumának egyedülálló, késő barokk freskóegyüttesét a felújítás során egyszerűen lefestették.
Egymástól függetlenül két művészettörténész is jelezte az Indexnek, hogy értékes freskóegyüttes semmisülhetett meg a Karmelita épületegyüttes felújítása során. Az épület belsejéről megjelent hivatalos fényképsorozaton már nem láthatóak a szerzetesek egykori refektóriumát díszítő freskók, az új szoba falai és a mennyezet hófehér.
Az épület felújítása összesen 16 milliárdot emésztett fel, csak a belsőépítészre majdnem 4 milliárd forint jutott. A Miniszterelnökség az Index kérdésére azt a választ adta:
"A terem falképei a magyar késő barokk-klasszicista falképfestészet alkotásai közé tartoznak, amelyek restaurálható állapotban maradtak meg. A korábbi, 1957-58-ban és 1973-ban történt restauráláskor használt anyagok és festékek elöregedtek, színük elváltozott. A karmelita refektórium falképeit az épület jelenlegi helyreállítása során tisztították és konzerválták, ezt követően leragasztották, és elfedésével a terem egyszínű, fehér kifestést kapott – egyben biztosítva a műalkotások dokumentálását és megóvását az utókor számára."
Az nem derült ki, hogy erről egyeztettek-e az ICOMOS nemzetközi örökségvédelmi szervezettel. A Karmelita kolostor ugyanis a budapesti világörökség részét alkotja, ezért bármely elemének eltüntetése vagy megváltoztatása sértheti Magyarország nemzetközi szerződésbe foglalt vállalását az érték megőrzésére. Már a dunai oldalhoz tapasztott új erkély esetén is felmerült ez a szempont, de a szervezet ez ellen végül nem emelt kifogást. A "a kolostor kormányülés-termének belsőépítészeti kialakítását nem a ZDA-Zoboki Építésziroda végezte".
Az örökségvédelmi hatóság szakemberei állítólag sokáig ellenezték a lépést, és nekik köszönhető, hogy a freskókat olyan módon tüntették el, hogy ez egyszer a jövőben még helyrehozható lesz: teljes restaurálást kaptak, aztán egy üvegszálas vászonréteget tettek rájuk, majd erre került rá a fehér festés. A szobába két új ablak is került két korábbi, befalazott nyílás kibontása révén.
Entz Géza, az egyik legnagyobb magyar művészettörténész a freskókat hazánkban egyedülállónak minősíti.