A legfontosabb munkája a Gellért hullámfürdőjének rehabilitációja volt. Később, a Városépítési Tudományos és Tervező Intézet munkatársaként részt vett Józsefváros rehabilitációs szabályozási tervének elkészítésében. Évekig élt Afrikában – először két évig Algériában dolgozott, majd ugyanennyi ideig Mozambikban –, ahonnan hazatérve már másként tekintett az európai életvitelre, gondolkodásmódra, mint korábban. Ezt a „másként látást” őrizte meg, és ez vitte időről időre az építészet határvonalán túlra is.
Oda, ahol az építés nem a házról szól, hanem a tér komfortos és szerethető emberi használatáról. Szerinte ugyanis a ház nem az anyagok és formák perfekt kompozíciója, hanem olyan hely, amely támogat, befogad, szépséget teremt és szépséget tanít. Azt mondta, hogy nem tudja eldönteni magáról, hogy építész-e vagy sem. Kevés házat tervezett.
Az építészet világában csak az utóbbi években nyertek létjogosultságot a nem építés, a közösségépítés, a társadalomépítés elvei, Perczel Anna már 1984-ben ezt képviselte, miután csatlakozott a bős-nagymarosi vízlépcső ellen tiltakozó Duna Körhöz. Ott tapasztalta meg, hogy a szakmán, a hivatalon, a formális kereteken túl is fel lehet lépni – sokszor kötelező is – a környezet pusztítása ellen. Ugyanezt tette húsz évvel később, 2004-ben, amikor a pesti zsidónegyed bontási tervei napvilágra kerültek. De ekkor már ő volt, aki társakat keresett a tiltakozáshoz. Élére állt az Óvás! Egyesületnek, amely nemcsak egyszerű akciócsoport lett, hanem a városnegyed értékeit, emlékeit óvó és feldolgozó értelmiségi kör, amely könyveket ad ki, kiállításokat, konferenciákat szervez. Ennek köszönhetően a pesti zsidónegyedről ma már szinte mindenki hallott, és nemcsak itthon, de a nagyvilágban is érzékeny figyelemmel követik mindazt, ami ott történik. Perczel Anna erről szóló, Védtelen örökség című könyve 2007-ben jelent meg először, és azóta is mintául szolgál a városnegyed épületállományának értő és empatikus áttekintéséhez. Ahogy a Kik éltek, kik építettek itt? Zsidó részvétel Budapest világvárossá válásában címet viselő interaktív honlap is, amelynek megvalósulásában jelentős szerepe volt.
Perczel Anna egyszerre volt könnyed és állhatatos. Állításait valahol a kérdés és a csodálkozás között mondta ki, a szemöldökét felhúzva, mintha maga is meglepődne azon, amit hall. Ugyanakkor ezek kemény állítások voltak szóban és írásban, építészként és városvédőként, íróként és szervezőként. De ez a keménység soha nem valami ellen, hanem valaminek az érdekében szólt. Ez járta át minden munkáját, minden írását, minden emberi kapcsolatát. Dolgoztam vele, jól ismertem azt a lendületet, lelkesedést, amikor egy készülő könyv, terv, koncepció vagy bármi mellett nem látta a hátráltató tényezőket. Szelíden, de magától értetődő természetességgel ment át a falakon. Most az utolsón is.
